Επικεφαλής του Εργαστηρίου Αξιολόγησης Πολιτικών και Προγραμμάτων Ανάπτυξης είναι ο Διευθυντής / η Διευθύντρια. Ο Διευθυντής / Η Διευθύντρια προέρχεται από τα μέλη ΔΕΠ του Τμήματος Μηχανικών Χωροταξίας, Πολεοδομίας και Περιφερειακής Ανάπτυξης του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας (τα οποία βρίσκονται στη βαθμίδα του Καθηγητή / της Καθηγήτριας ή του Αναπληρωτή Καθηγητή / της Αναπληρώτριας Καθηγήτριας) και η θητεία του / της είναι τριετής. Ο Διευθυντής / Η Διευθύντρια εκλέγεται έπειτα από εκλογική διαδικασία στην οποία συμμετέχουν τα μέλη ΔΕΠ του Τμήματος Μηχανικών Χωροταξίας, Πολεοδομίας και Περιφερειακής Ανάπτυξης του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Στην αρμοδιότητα του Διευθυντή / της Διευθύντριας εμπίπτουν η μέριμνα για την τήρηση του Κανονισμού Λειτουργίας και η λογοδοσία στη Συνέλευση του Τμήματος Μηχανικών Χωροταξίας, Πολεοδομίας και Περιφερειακής Ανάπτυξης του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Ο Διευθυντής / Η Διευθύντρια δύναται να ορίσει Αναπληρωτή Διευθυντή / Αναπληρώτρια Διευθύντρια.